毛囊炎治疗主要原则是采用杀灭病菌，抑制病菌再生的方法，以减少复发，达到根治的目的。
毛囊炎目前使用的治疗方法中有药物治疗、物理治疗和饮食调理等。专业的皮肤科医生常常会根据患者病情有针对性的使用，对一些毛囊损害部位严重者采取光学疗法治疗；由于毛囊炎还常常因为维生素缺乏，营养素缺乏所导致，治疗过程中医生还会配合一些补充营养的药物和食物配方，以达到最佳治疗目的。
毛囊炎患者在治疗过程中，一些特殊部位的患者还应特别注意避免湿、热、出汗等问题，日常注重活动，以增强及提高个人体质。